基于InDel标记的黄瓜种质资源遗传多样性分析


        | 摘要 | 为明确黄瓜自交系间的亲缘关系，筛选适宜作杂交亲本的种质资源，利用InDel标记对48份黄瓜自交系进行遗传多样性分析。


        结果表明，68对InDel标记中39对标记具有强多态性，在48份材料共检测出79个等位基因，平均每对标记检测到2.0256个等位基因，遗传距离在0-0.9551的范围，相似性系数在0.44-1，平均相似性系数为0.72，说明48份材料总体亲缘关系较近，遗传多样性不够丰富。


        NTSYS2.1软件聚类的结果表明，在相似性系数为0.44时，48份材料被划分为2大类群，主要为密刺黄瓜和水果黄瓜，用Power Marker 3.25软件进行树状图分析，结果与NTYSYS聚类结果一致。研究结果为了解黄瓜种质资源遗传背景及亲本组合的选配奠定基础。



图1. 标记InDel250对48份黄瓜种质资源的电泳图


        从本实验室前期开发出的10470个InDel标记中初步选择68对InDel标记对48份黄瓜自交系进行分析，结果表明39对InDel标记具有强多态性。图1为标记InDel250对48份黄瓜种质材料扩增出两个等位基因的电泳图。


图2. 48份黄瓜资源聚类分析


采用NTSYS 2.1软件中的UPGMA对48份黄瓜种质资源进行聚类分析作图，结果见图2．在相似系数为0.44时，将黄瓜种质划分为2个类群，第1类群包括D1、D2、D3、D12、D5等31份材料，且大部分密刺黄瓜被聚为此类；第2类群包括X1、X3、X7、X4、X11等17份材料，且该类群76.5%为水果黄瓜；白绿黑刺黄瓜、白绿稀刺黄瓜全部在第1大类群，2份白绿无刺黄瓜在第2大类群。


  为了验证NTYSYS软件的分析结果，用Power Marker3.25软件进行了聚类分析，发现48份黄瓜自交系也是被聚为2大类群（图3），且聚类结果与上述NTSYS软件分析结果完全一致。


图3. 48份黄瓜资源聚类树状图